这是一道阅读理解题，我们需要先理解文段的主旨，再逐一分析选项，找出与文段主旨最为接近的选项。
首先，我们梳理文段的主要信息:
案件事实复杂，国家机关难以查明真相。
案件性质在一般违法行为与犯罪行为之间界限模糊，法律适用困难。
行政执法人员与刑事追诉人员对法律理解存在差异。
这些因素导致“行刑衔接”不再是单纯的行政执法到刑事司法的衔接，可能涉及多次转换。
法律明文规定了多环节的移送。
接下来，我们逐一分析选项:
A 解释“行刑衔接”中出现多环节衔接的原因
这个选项直接对应了文段的主旨，即解释了由于案件复杂性、法律界限模糊、法律理解差异等因素，导致“行刑衔接”中可能出现多环节的衔接。符合文段主旨。
B 剖析目前“行刑衔接”导致的多重复杂状况
这个选项强调的是“行刑衔接”导致的复杂状况，而文段主要是在解释为何会出现这种复杂状况，因此不符合文段主旨。
C 强调区分一般违法行为与犯罪行为的必要性
这个选项只涉及了文段中的一个细节，即案件性质在一般违法行为与犯罪行为之间界限模糊，但并未涵盖文段的主旨，即解释多环节衔接的原因。
D 探讨实践中影响行政执法与刑事司法的因素
这个选项虽然涉及了文段中的一些内容，如案件复杂性、法律理解差异等，但并未直接点明文段的主旨，即这些因素如何导致“行刑衔接”中可能出现多环节的衔接。
综上所述，A选项“解释‘行刑衔接’中出现多环节衔接的原因”最符合文段的主旨。
因此，答案是A。