这是一道涉及法律条文和实际应用的问题，我们需要根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，来判断哪个选项是符合法律规定的。
首先，我们来分析每个选项:
A选项（甲综合行政执法局责令孙某限期拆除其违法建筑）:根据《中华人民共和国行政处罚法》，责令拆除违法建筑并不属于行政处罚的种类，而是一种行政强制措施或行政命令，因此A选项不符合题目要求的行政处罚范畴。
B选项（某变电站项目建成六年后，乙生态环境局发现其系“未批先建”，处以罚款）:根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，以及考虑到环境违法行为的特殊性，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但法律另有规定的除外。而《环境保护法》等相关法律并未对“未批先建”类违法行为的处罚时效作出特别规定。然而，重要的是，这类违法行为往往涉及持续性的环境影响，其违法状态在项目建成并投入运营后仍然持续。因此，即便项目建成多年，只要违法状态仍在持续，生态环境部门仍有权进行处罚。所以，B选项是符合法律规定的。
C选项（某公司因某次违规代开发票被丙税务部门罚款三次）:根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。因此，对同一次违规代开发票行为进行三次罚款是不合法的。
D选项（丁市场监督管理局对王某作出行政拘留七日并罚款一千元的处罚）:根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政拘留并不属于行政处罚的种类，而是行政强制措施的一种。市场监督管理局无权作出行政拘留的处罚，因此D选项不合法。
综上所述，B选项（某变电站项目建成六年后，乙生态环境局发现其系“未批先建”，处以罚款）是符合《中华人民共和国行政处罚法》规定的。
因此，答案是B。