这是一道关于新时代党的建设新的伟大工程表述判断的问题。我们需要先理解每个选项的含义，然后对照习近平总书记关于新时代党的建设的相关论述，判断每个选项的正确性。
①“以坚持和加强党中央集中统一领导为最高原则”:这一表述符合党的组织原则和党的建设的基本要求，是正确的。
②“以忠诚为党护党、全力兴党强党为根本使命”:这一表述体现了党员对党的忠诚和兴党强党的责任感，与党的建设和组织工作的核心要求相符，也是正确的。
③“以解决大党独有难题、健全全面从严治党体系为重大任务”:这一表述反映了党在面临新挑战时的应对策略，即解决大党独有难题，并健全全面从严治党体系，与党的实际建设需求相符，因此也是正确的。
④“以加强党的组织体系建设为主线”:党的组织体系是党的建设的基石，加强党的组织体系建设是党的建设的重要组成部分，这一表述也是正确的。
⑤“以党的制度建设为统领，以坚定理想信念宗旨为根基”:然而，根据习近平总书记的论述，新时代党的建设应以党的政治建设为统领，以坚定理想信念宗旨为根基。因此，这一表述中的“以党的制度建设为统领”是不准确的。
综上所述，选项①、②、③、④的表述是正确的，而选项⑤的表述存在错误。因此，正确的选项数量是4项。
所以，答案是C.4项。